Stjórn Lundar ses skipa fimm fulltrúar. Tveir fulltrúar eru skipaðir af skólanefnd Menntaskólans á Akureyri og tveir fulltrúar samkvæmt tilnefningu Verkmenntaskólans á Akureyri. Fimmti fulltrúinn er formaður heimavistarráðs á hverjum tíma eða fulltrúi tilnefndur af heimavistarráði. Varafulltrúar í stjórn Lundar eru þrír, einn tilnefndur af MA og annar af VMA. Þriðji varafulltrúinn er varaformaður heimavistarráðs hverju sinni.
Skólameistarar Menntaskólans á Akureyri og Verkmenntaskólans á Akureyri hafa rétt á setu á stjórnarfundum Lundar án atkvæðisréttar.
Stjórn Lundar skólaárið 2021-2022
Kristín Sigfúsdóttir, formaður stjórnar
Björk Guðmundsdóttir
Jónas Jónsson
Úlfar Hauksson
Varamenn
Svava Hrönn Magnúsdóttir
Unnar Vilhjálmsson